Ἡ Διεύθυνση, τό προσωπικό τοῦ Ἱστορικοῦ Ἀρχείου καί ὁ ἀείμνηστος συνεργάτης τοῦ ΙΑΕΕ ἀπό τό 2005 Γεώργιος Μητροφάνης (†5.7.2012) κατήρτισαν Σχέδιο Κανονισμοῦ τοῦ Ἱστορικοῦ Ἀρχείου τό ὁποῖο ὑπέβαλαν στήν Ἱερά Σύνοδο τῆς Ἐκκλησίας τῆς Ἑλλάδος. Ἡ Διαρκής Ἱερά Σύνοδος τῆς Ἐκκλησίας τῆς Ἑλλάδος στή Συνεδρία Αὐτῆς τῆς 12^ης Νοεμβρίου 2013 ἐνέκρινε τό Σχέδιο μέ τήν ψήφιση τοῦ ὑπ΄ ἀριθμ. 248/2013 Κανονισμοῦ «Περί ἱδρύσεως καί λειτουργίας Ἱστορικοῦ Ἀρχείου τῆς Ἐκκλησίας τῆς Ἑλλάδος». Ὁ Κανονισμός δημοσιεύθηκε στό ἐπίσημο Δελτίο τῆς Ἐκκλησίας τῆς Ἑλλάδος, περιοδικό Ἐκκλησία τ. 91/1 (Ἰαν. 2014) 64-69 καί στό Φῦλλο Ἐφημερίδος τῆς Κυβερνήσεως 286/τ.Α΄/30.12.2013, σ. 5277-5282.

Στόν Κανονισμό περιλαμβάνονται ἡ σύσταση καί ὁ σκοπός τοῦ Ἱστορικοῦ Ἀρχείου, ἡ διάρθρωση, τά ἀπαιτούμενα προσόντα καί οἱ ἁρμοδιότητες τοῦ προσωπικοῦ, καθορίζεται ἡ ἀρχειακή πολιτική, τό ἀρχειακό πρόγραμμα καί τά ἀρχειακά πρότυπα, ὁ χαρακτηρισμός ἀρχείων ὡς ἱστορικῶν, ἡ παραλαβή ἱστορικῶν ἀρχείων, ἡ διαχείριση διηνεκῶν ἀρχείων. Διευθετοῦνται ἐπίσης τά θέματα τῆς πρόσκτησης αρχείων πού ἀνήκουν σέ τρίτους, τῆς ἀρχειακῆς ἐπεξεργασίας, τῆς παραγωγῆς ἀντιγράφων καί διατηρήσεως ἱστορικῶν ἀρχείων, τῆς Ἐπιτροπῆς Διαβάθμισης Ἱστορικῶν Ἀρχείων, τῶν καταλόγων ἀρχείων, προβλέπεται ἡ διαδικασία πρόσβασης ἱστορικῶν καί ἡ ἐξυπηρέτηση τῶν ἐρευνητῶν, ἡ ἐξουσιοδότηση Διευθυντοῦ, οἱ παρεχόμενες ἱστορικές πληροφορίες τῆς Ἐκκλησίας, ἡ χρηματοδότηση τῶν δαπανῶν, τά τηρούμενα βιβλία, ὁ κωδικός ἀναγνώρισης καί τό ἠλεκτρονικό ταχυδρομεῖο (e-mail) καί ἡ ἔναρξη ἰσχύος τοῦ Κανονισμοῦ.