Τό ἀρχειακό ὑλικό τῆς Ἐκκλησίας τῆς Ἑλλάδος βρίσκεται στόν τόπο ὅπου βρίσκεται καί ἡ ἑκάστοτε ἕδρα τῆς διοικήσεως τῆς Ἐκκλησίας τῆς Ἑλλάδος, δηλαδή τῆς Διαρκοῦς Ἱερᾶς Συνόδου τῆς Ἐκκλησίας τῆς Ἑλλάδος, ἀπό τήν ἀνακήρυξή της ὡς Αὐτοκέφαλης Ἐκκλησίας, τήν 25^η Ἰουλίου 1833 μέχρι καί σήμερα.

Ἀρχικῶς λοιπόν ἡ Ἱερά Σύνοδος εἶχε ὡς ἕδρα τόν Ἱερό Ναό Ἁγίου Γεωργίου Ναυπλίου, ὥς τό 1834, ὁπότε, μέ τό Βασιλικό Διάταγμα τῆς 18/30 Σεπτεμβρίου τοῦ 1834 ὁρίσθηκε ἡ μετάθεσή της ἀπό τό Ναύπλιο στήν, νέα πρωτεύουσα τοῦ Ἑλληνικοῦ Βασιλείου, Ἀθήνα ἀπό τήν 1^η Δεκεμβρίου τοῦ 1834.

Νέα ἕδρα τῆς Ἱερᾶς Συνόδου ἀποτέλεσε Συνοδικόν κατάλυμα (σύμφωνα μέ τόν Κώδικα Πρακτικῶν τῆς Ἱ. Συνόδου) στήν πόλη τῶν Ἀθηνῶν καί ἀπό τίς 3 Ἰουνίου 1894 στό ἐπί τῆς ὁδοῦ Ἁγίας Φιλοθέης (σήμερα 21) Συνοδικό Μέγαρο τῆς Ἱερᾶς Ἀρχιεπισκοπῆς Ἀθηνῶν. Ὅπως χαρακτηριστικά ἀναφέρει ὁ ἀείμνηστος μητροπολίτης Μεσσηνίας Χρυσόστομος Θέμελης, τό Ἀρχεῖο βρισκόταν, ἀπό κάποια περίοδο καί ἔπειτα, στή μεγάλη αἴθουσα τοῦ ἡμιανωγείου διαμερίσματος, ὅπου παλαιότερα ἦταν ἡ αἴθουσα συνεδριάσεων τῆς Ἱ. Συνόδου.

Τέλη 1969 - ἀρχές 1970 οἱ Συνοδικές Ὑπηρεσίες μετεφέρθησαν στό Μέγαρο τῆς Ἀποστολικῆς Διακονίας στόν χῶρο τῆς Ἱ. Μονῆς Ἀσωμάτων Πετράκη, ἐπί τῶν ὁδῶν Ἰασίου 1 καί Ἰω. Γενναδίου 14, καί τό ἀρχειακό ὑλικό τοῦ Ἱστορικοῦ Ἀρχείου σέ ὑπόγειο χῶρο ἐπί τῆς ὁδοῦ Ἀλωπεκῆς 46.

Τό 1977, μέ πρωτοβουλία τοῦ τότε Ἀρχιγραμματέως τῆς Ἱερᾶς Συνόδου ἀρχιμ. Ἀμβροσίου Λενῆ (νῦν Μητροπολίτου Καλαβρύτων καί Αἰγιαλείας), τό ἀρχειακό ὑλικό μετεφέρθη σέ αἴθουσα 60 m² τοῦ Γ΄ ὀρόφου τοῦ Συνοδικοῦ Μεγάρου. Ἐκεῖ παρέμεινε ὥς τήν 31^η Ἰανουαρίου 2013, ὁπότε καί μετεφέρθη σέ ἐκκλησιαστικό κτήριο 600 m² ἐπί τῆς ὁδοῦ Δεινοκράτους 68. Κατά τά τέλη τοῦ 2014 τό σύνολο σχεδόν τοῦ ἀρχειακοῦ ὑλικοῦ καί ὁ ἐξοπλισμός τοῦ ΙΑΕΕ μεταφέρθηκε ἀπό τό προσωπικό του σέ παρακείμενο κτήριο λόγω τῆς ἀνάγκης ἀντικαταστάσεως τῆς στέγης καί ἐνῶ βρισκόταν σέ ἐξέλιξη τό πρόγραμμα ψηφιοποιήσεώς του, καί ἐπανῆλθε στή νέα του ἕδρα σταδιακά ὥς τόν Ἰούνιο τοῦ 2015.    

Μέ τήν μεταφορά τοῦ ΙΑΕΕ στό κτήριο τῆς ὁδοῦ Δεινοκράτους πραγματοποιήθηκαν ἀπαραίτητες ἐργασίες ὑποδομῆς ὥστε ὁ χῶρος νά ἀνταποκρίνεται στίς ἰδιαίτερες ἀνάγκες ἑνός Ἀρχείου. Ἔτσι, ἀντικαταστάθηκε ἡ προβληματική στέγη τοῦ κτηρίου, τοποθετήθηκε συναγερμός, σύστημα πυρανίχνευσης, κατασκευάστηκαν 3 ἀρχειοστάσια, πραγματοποιήθηκαν ἐργασίες ἐξωραϊσμοῦ τοῦ χώρου, ὥστε νά βελτιωθοῦν οἱ συνθῆκες ἐργασίας τοῦ προσωπικοῦ καί ἀσφαλείας τοῦ ἀρχειακοῦ ὑλικοῦ.